世界上唯一剩下的一男一女两个人类，开始了探寻人类毁灭，和地球未来的旅途。在那股神秘的声音的指引下，鲁鲁修和CC的脚印踏遍了已经被毁灭的世界的每一个角落，将曾经查鲁鲁没有找到的遗迹，全部找了出来。
亚洲三座，欧洲三座，美洲三座，非洲一座，澳大利亚一座！
总共十一做遗迹神殿，十一扇通往C世界的大门。
但是，鲁鲁修和CC找到的时候，这些门，已经打不开了。即使结合他们两人CODE印记，加上那足以移山倒海的能力，也无法驱动这扇大门分毫。但是，鲁鲁修和CC并非一无所获，结合从十二座遗迹得到的信息，鲁鲁修推测，还有第十二座神殿，也是所有遗迹的中心。
它的位置，坐落在世界的中心，传说中的上古文明，亚特兰蒂斯文明淹没的太平洋底。
以非人之躯，达成奇迹的两人，花费了百年的世界，利用逐渐熟悉的力量，将整个太平洋中心的大海沟从中分开，终于发现了地十二座神殿。
亚特兰蒂斯文明，曾经的国都，也是最后一处遗迹！
踏入这座淹没在海底上万年的皇城，鲁鲁修和CC终于抵达了位于古城最中心的总神殿。在这里，鲁鲁修和CC终于从遗留在神殿里那铭刻在墙壁上的壁画，推知了发生在数万年前，亚特兰蒂斯文明，一夜之间消失的谜底。还有鲁鲁修和CC的CODE印记，以及GEASS，C世界，所有的一切，都在此刻，真相大白。
不错，无论是C世界，还是CODE，以及这些遗迹，都是数万年前，亚特兰蒂斯文明留下来的遗物。而直到这个时候，鲁鲁修和CC才最终得知了，人类战争，以及毁灭的真相。
毁灭人类的，并不是人类自己，而是……地球，所有生物的母亲，生命的起源!
她的名字，叫盖亚！
数百万年轻，毁灭横行地球两亿年的恐龙一族，然后又将极度发到的高等人类文明亚特兰蒂斯一举埋进太平洋的，正是地球的抑制力的象征，盖亚！
盖亚不光是抑制力，没错，因为在生命出现之前盖亚就存在。那时的它没有要抑制的对象，它的存在是在生命之后，为了保障生命中某一类的生存而出现的，存在的理由就是为了抑制所有能威胁灵长类全体存在的人、事、物所以它除了抑制力之外什么都不是。
数百万年前，恐龙一族膨胀到极限，已经威胁到了地球上所有的生命。所以，盖亚召来了一颗陨石，将所有的恐龙灭绝了。
第一次，盖亚慢慢拥有了自己的意识，也明白了自己的使命。
几万年前，灵长类的一只族群，三眼族人逐渐拥有了自己的文明，他们自称亚特兰蒂斯人，他们的文明，就叫做亚特兰蒂斯文明。亚特兰蒂斯人天生拥有强大的力量，能够行使精神力做到各种匪夷所思的事情。随着科技的发展，他们渐渐的将研究的对象转变到自己的身体。
身体的进化，精神的力量，以及最最神秘的灵魂。
这种行为，触犯到了生命的禁忌，引起了地球盖亚意识的注意。但是因为亚特兰蒂斯人的研究并没有威胁到其他生命的存在，而且也没有造成太大的破坏，所以盖亚意识只是在暗中监视着亚特兰蒂斯人的一举一动，并没有干涉他们的行为。
然而，随着亚特兰蒂斯人对于灵魂和精神力量越来越深入的研究，他们自身的力量，也变得越来越强大。终于，有一天，亚特兰蒂斯人的十二位元老，在族人有意识的信仰下，他们的灵魂，得到了进一步的升华，感应到了天地之间那无所不在的伟大意识。
盖亚！
循着时光的河流，他们在历史的长河中，发现了前几次大灭绝的真相，从而推测出了盖亚意识的本质。
天地不仁，以万物为刍狗，盖亚意识，会消灭所有，危害到其他生命，破坏生命之间平衡的生物。从这时开始，亚特兰蒂斯人有了强烈的危机意识，他们全身心的投入到对灵魂力量的研究之中。
生命的禁忌，从此刻被真正打开了。所有的亚特兰蒂斯人都沉迷在对灵魂和精神力量的研究中。除了十二位先驱元老，其他的亚特兰蒂斯人也在逐渐升华着自己的灵魂。而同时，被他们信奉的十二位首领，也就是一件完成升华的十二位元老，他们的力量，也在飞速提升着。
这个时期，是亚特兰蒂斯文明最为繁盛的时代。
随着时间的推移，亚特兰蒂斯人发现，他们肉体的死亡，并不是他们生命的终结。他们的意识，不仅是在生前，在死后，也依然可以得以保留。每个人从诞生，他们的大脑就在无意识的发送着一种奇异的电波，每个人类的电波虽然各有不同，但是本质，还是一样的。
亚特兰蒂斯人以自己高超的科技和对灵魂的了解，在世界各地建立了十二座神殿，将这种波有意识的收集了起来，随着时间的推移，无论是已经死去的人，还是依然活着的，他们的意识和精神，都慢慢的聚集在这十二座神殿之中。
庞大的精神能量，在逐渐成长的过程中，终于影响到了地球的里世界，打破了物质界通往盖亚所在的空间的通道。十二座神殿收集的人类精神能量，顺着这个通道，聚集融合在了一起，变成了一个意识体。
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